Watabe gab sein internationales Debüt 2008 im B-Weltcup der Nordischen Kombination. Ab Januar 2009 startete er im Continental Cup. Bei der Junioren-Weltmeisterschaft 2008 in Zakopane hatte er zuvor den 13. Platz mit dem Team sowie den 26. Platz im Sprint erreicht. Am 10. Januar 2009 gab er im Val di Fiemme sein Debüt im Weltcup. Bei den Nordischen Junioren-Skiweltmeisterschaften 2010 in Hinterzarten verpasste Watabe im Teamwettbewerb als Vierter nur knapp die Medaillenränge. Im Einzelwettbewerb über 5 km erreichte er den elften Platz, über 10 km den vierzehnten. Am 23. Januar 2010 gewann Watabe zum ersten Mal in seiner Karriere beim Gundersen in Schonach Weltcup-Punkte.
Bei den Weltmeisterschaften 2013 belegte er im Teamwettbewerb mit Japan den vierten Rang. Bei den Weltmeisterschaften 2015 erreichte er in den Einzelwettbewerben den sechsten und siebten Platz. Seine bisher beste Weltcup-Saison war 2012/13, die er auf dem 15. Rang beendete. In diesem Winter erreichte er auch seine bisher einzige Podiumsplatzierung im Einzel, als er in Oslo Dritter wurde. Mit seinem Bruder gewann er bei den Weltmeisterschaften 2017 in Lahti im Teamsprint die Bronzemedaille.
Er ist der jüngere Bruder des nordischen Kombinierers Akito Watabe.