La saison 1999 du Championnat de Namibie de football est la huitième édition de la Premier League, le championnat de première division national namibien. Les équipes engagées sont regroupées au sein d'une poule unique où elles affrontent deux fois leurs adversaires, à domicile et à l'extérieur. En fin de saison, pour permettre le passage du championnat à 14 équipes, il n’y a pas de relégation et les deux meilleurs clubs de deuxième division sont promus.
C'est le Black Africa FC, tenant du titre, qui remporte à nouveau la compétition cette saison après avoir terminé en tête du classement, avec treize points d'avance sur Life Fighters FC et seize sur Blue Waters FC. C'est le quatrième titre de champion de Namibie de l'histoire du club.
Les saisons en noir sont celles on ne connaît avec certitude que le nom du champion (voir le palmarès). Il n'y a pas eu de championnat disputé en 1997 et en 2016-2017.
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Championnats nationaux de première division 1998-1999 à travers le monde
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