Dans le gouvernement de Jean Charest, il occupe plusieurs ministères et comités, au point d'être parfois qualifié de « ministre le plus polyvalent du cabinet » : il est successivement nommé ministre de l'Emploi, de la Solidarité sociale et de la Famille (d' à ), ministre responsable du Développement économique, de l'Innovation et de l'Exportation (de à ), ministre du Développement durable, de l'Environnement et des Parcs (de à ), ministre des Ressources naturelles et de la Faune (depuis ) et ministre responsable de la région du Saguenay—Lac-Saint-Jean (depuis ). Aussi, depuis , il est ministre responsable des régions du Bas-Saint-Laurent et de la Côte-Nord.
En 2007, dans la foulée du plan vert de la province visant à diminuer les gaz à effet de serre, il manifeste son vif désaccord contre la hausse des prix de l'essence pratiquée par les entreprises pétrolières canadiennes[1].
Son attachée politique, Nancy Michaud, est retrouvée assassinée le à Rivière-Ouelle, après avoir été enlevée deux jours auparavant. Son assassin, Francis Proulx, est reconnu coupable de meurtre prémédité et condamné le à une peine de prison à perpétuité[2].
Claude Béchard est hospitalisé le à la suite de problèmes du système digestif. En juin, il subit une intervention chirurgicale pendant laquelle on lui retire une lésion obstructive au duodénum, causée par une tumeur cancéreuse primaire du pancréas. Cette opération entraîne une convalescence de cinq mois, nécessitant un suivi médical soutenu[3]. Il est de nouveau opéré en , en raison d’une récidive du cancer. Le , en matinée, il démissionne à titre de député de Kamouraska-Témiscouata et de ministre du gouvernement du Québec[4]. Il décède quelques heures plus tard. Ses funérailles sont célébrées le à la cathédrale de Sainte-Anne-de-la-Pocatière[5],[6]. Il est inhumé au cimetière de Saint-Pascal, près de son village natal[7].