| Nr | Flod | Längd | Flodbäcken | Landskap | Avrinningsområde | Anmärkning | VEE-kod |
| 1. | Gauja (Koiva jõgi) | 452 | 9080 | Valgamaa | Rigabukten | Rinner i Lettland, gränsflod till Estland. | 1154200 |
| 2. | Võhandu jõgi | 165 | 1402 | Põlvamaa, Võrumaa | Finska viken ← Narva ← Peipus | | 1003000 |
| 3. | Pededze (Pedetsi jõgi) | 159 | 1690 | Võrumaa | Rigabukten ← Daugava ← Aiviekste | Merparten i Lettland. | 1159700 |
| 4. | Pärnu | 145 | 6837 | Pärnumaa, Järvamaa | Rigabukten | | 1123500 |
| 5. | Põltsamaa jõgi | 136 | 1297 | Jõgevamaa, Viljandimaa, Lääne-Virumaa, Järvamaa | Finska viken ← Narva ← Peipus ← Emajõgi ← Pedja jõgi | | 1030000 |
| 6. | Pedja jõgi | 125 | 2688 | Jõgevamaa, Viljandimaa, Lääne-Virumaa, Tartumaa | Finska viken ← Narva ← Peipus ← Emajõgi | | 1023700 |
| 7. | Kasari jõgi | 115 | 3213 | Läänemaa, Raplamaa, Harjumaa, Pärnumaa | Moonsund | | 1107000 |
| 8. | Keila jõgi | 112 | 669 | Harjumaa, Raplamaa | Finska viken | | 1096100 |
| 9. | Piusa | 109 | 796 | Võrumaa | Finska viken ← Narva ← Peipus | Mynningen ligger i Ryssland. | 1000200 |
| 10. | Pirita jõgi | 107 | 808 | Harjumaa | Finska viken | | 1089200 |
| 11. | Ahja jõgi | 104 | 1074 | Tartumaa, Põlvamaa | Finska viken ← Narva ← Peipus ← Emajõgi | | 1047200 |
| 12. | Õhne jõgi | 102 | 573 | Viljandimaa, Valgamaa | Finska viken ← Narva ← Peipus ← Emajõgi ← Võrtsjärv | Rinner även i Lettland. | 1013700 |
| 13. | Navesti jõgi | 102 | 3004 | Pärnumaa, Viljandimaa, Jõgevamaa, Järvamaa | Rigabukten ← Pärnu | | 1131600 |
| 14. | Emajõgi | 99 | 9628 | Tartumaa, Viljandimaa | Finska viken ← Narva ← Peipus | | 1023600 |
| 15. | Jägala jõgi | 99 | 1481 | Harjumaa, Järvamaa | Finska viken | | 1083500 |
| 16. | Vigala jõgi | 97 | 1577 | Pärnumaa, Raplamaa | Moonsund ← Kasari jõgi | | 1110400 |
| 17. | Halliste jõgi | 92 | 1891 | Pärnumaa, Viljandimaa | Rigabukten ← Pärnu ← Navesti jõgi | | 1136000 |
| 18. | Valgejõgi | 90 | 452 | Harjumaa, Lääne-Virumaa | Finska viken | | 1079200 |
| 19. | Väike Emajõgi | 87 | 1290 | Valgamaa | Finska viken ← Narva ← Peipus ← Emajõgi ← Võrtsjärv | | 1008200 |
| 20. | Mustjõgi | 85 | 994 | Valgamaa, Võrumaa | Rigabukten ← Gauja | | 1154800 |
| 21. | Elva jõgi | 82 | 451 | Tartumaa, Põlvamaa, Valgamaa | Finska viken ← Narva ← Peipus ← Emajõgi | | 1036500 |
| 22. | Sauga jõgi | 78 | 557 | Pärnumaa, Raplamaa | Rigabukten ← Pärnu | | 1148700 |
| 23. | Rūja (Ruhja jõgi) | 77 | 963 | Viljandimaa | Rigabukten ← Salaca | Merparten i Lettland. | 1153600 |
| 24. | Velise jõgi | 75 | 868 | Raplamaa, Pärnumaa | Moonsund ← Kasari jõgi ← Vigala jõgi | | 1112700 |
| 25. | Narva | 74 | 56783 | Ida-Virumaa | Finska viken | Gränsflod till Ryssland | 1062200 |
| 26. | Soodla jõgi | 73 | 222 | Harjumaa, Lääne-Virumaa, Järvamaa | Finska viken ← Jägala jõgi | | 1087000 |
| 27. | Reiu jõgi | 72 | 906 | Pärnumaa | Rigabukten ← Pärnu | | 1145400 |
| 28. | Kunda jõgi | 66 | 536 | Lääne-Virumaa | Finska viken | | 1072900 |
| 29. | Vääna jõgi | 64 | 315 | Harjumaa | Finska viken | | 1094500 |
| 30. | Raudna jõgi | 63 | 1123 | Pärnumaa, Viljandimaa | Rigabukten ← Pärnu ← Navesti jõgi ← Halliste jõgi | | 1139100 |
| 31. | Ura jõgi | 56 | 186 | Pärnumaa | Rigabukten | | 1148100 |
| 32. | Rannapungerja jõgi | 55 | 595 | Ida-Virumaa | Finska viken ← Narva ← Peipus | | 1058700 |
| 33. | Kullavere jõgi | 53 | 629 | Jõgevamaa | Finska viken ← Narva ← Peipus | | 1052600 |
| 34. | Avijõgi | 52 | 391 | Lääne-Virumaa, Jõgevamaa | Finska viken ← Narva ← Peipus | | 1056900 |
| 35. | Vasalemma jõgi | 50 | 396 | Harjumaa, Raplamaa | Finska viken | | 1099200 |
| 36. | Vändra jõgi | 50 | 255 | Pärnumaa, Raplamaa, Järvamaa | Rigabukten ← Pärnu | | 1130700 |
