NAMD

Nanoscale Molecular Dynamics
Geliştirici(ler)University of Illinois at Urbana–Champaign: Teorik ve Hesaplamalı Biyofizik Grubu (Theoretical and Computational Biophysics Group/TCB), Paralel Programlama Labaratuvarı (Parallel Programming Laboratory/PPL)
İlk yayınlanma1995 (29 yıl önce) (1995)
Güncel sürüm2.12 / 22 Aralık 2016 (7 yıl önce) (2016-12-22)
Geliştirme durumuAktif
Programlama diliC++
İşletim sistemiÇapraz platform: Windows, Linux, macOS, Unix
Platformx86, x86-64
Erişilebilirlikİngilizce
TürMoleküler dinamik similasyon
Resmî sitesiks.uiuc.edu/Research/namd
Kod deposu
  • gitlab.com/tcbgUIUC/namd
Bunu Vikiveri'de düzenleyin

Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, önceden Not Another Molecular Dynamics Program),[1] Charm ++ paralel programlama modeli kullanılarak yazılmış moleküler dinamik simülasyonu yazılımıdır . Paralel verimliliği ile ön plandadır ve genellikle büyük sistemleri (milyonlarca atom) simüle etmek için kullanılır.[2] University of Illinois at Urbana–Champaign'nde Teorik ve Hesaplamalı Biyofizik Grubu (TCB) ve Paralel Programlama Laboratuvarı (PPL) işbirliği ile geliştirilmiştir.

NAMD, ticari olmayan amaçlar için ücretsiz olarak mevcuttur.

Ayrıca bakınız

Kaynakça

  1. ^ "Flexibility and Interoperability in a Parallel Molecular Dynamics Code". 17 Mayıs 2018 tarihinde kaynağından (postscript) arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Mart 2020. 
  2. ^ "NAMD A Parallel Object-Oriented Molecular Dynamics Program" (PDF). 9 Ekim 2006 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Mart 2020. 

Dış bağlantılar

  • Resmî site,
  • NAMD page at the PPL website5 Ocak 2007 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  • NAMD on GPUs13 Mart 2012 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  • g
  • t
  • d
Bilgisayarlı kimya yazılımları
Kemoinformatik
Özgür
  • Avalon Cheminformatics Toolkit
  • Bioclipse
  • Blue Obelisk
  • Chemistry Development Kit
  • ECCE
  • JOELib
  • OELib
  • Open Babel
  • RDKit
Özel mülk
  • Canvas
  • Chemicalize
  • Discovery Studio
Kimyasal kinetik
Özgür
  • APBS
  • Cantera
  • KPP
Özel mülk
  • Autochem
  • Chemical WorkBench
  • CHEMKIN
  • COSILAB
  • DelPhi
  • Khimera
Moleküler modelleme
ve
görselleştirme
Özgür
  • Ascalaph Designer
  • Avogadro
  • BALL
  • Biskit
  • Gabedit
  • Ghemical
  • Jmol
  • Molekel
  • PyMOL
  • QuteMol
  • RasMol
Özel mülk
  • Abalone
  • ACD/ChemSketch
  • Atomistix ToolKit
  • ChemDraw
  • ChemWindow
  • EzMol
  • Gaussian
  • Maestro
  • MarvinSketch
  • MarvinView
  • MODELLER
  • Molecular Operating Environment
  • SAMSON
  • Spartan
  • UCSF Chimera
  • VMD
Moleküler yanaştırma
Protein-ligand yanaştırma yazılımları listesi
Özgür
Özel mülk
  • Glide
  • LeDock
  • Molecular Operating Environment
Moleküler dinamik
Özgür
Özel mülk
  • Abalone
  • AMBER
  • CHARMM
  • CPMD
  • Desmond
  • GROMOS
  • NAMD
Kuantum kimyası
Özgür
  • ABINIT
  • ACES (CFOUR)
  • AIMAll
  • BigDFT
  • COLUMBUS
  • CONQUEST
  • CP2K
  • Dalton
  • DIRAC
  • DP code
  • FLEUR
  • FreeON
  • MADNESS
  • MOPAC
  • MPQC
  • NWChem
  • Octopus
  • OpenMolcas
  • PARSEC
  • PSI
  • PyQuante
  • PySCF
  • Quantum ESPRESSO (PWscf)
  • RMG
  • SIESTA
  • VB2000
  • YAMBO code
Özel mülk
  • ADF
  • AMPAC
  • DMol3
  • CADPAC
  • CASINO
  • CASTEP
  • CPMD
  • CRUNCH
  • CRYSTAL
  • Firefly
  • GAMESS (UK)
  • GAMESS (US)
  • Gaussian
  • Jaguar
  • MOLCAS
  • MOLPRO
  • ONETEP
  • OpenAtom
  • ORCA
  • PLATO
  • PQS
  • Q-Chem
  • Quantemol
  • Scigress
  • Spartan
  • TeraChem
  • TURBOMOLE
  • VASP
  • WIEN2k
  • XMVB
İskelet yapısı çizimi
Özgür
Özel mülk
  • ACD/ChemSketch
  • BIOVIA Draw
  • ChemDoodle
  • ChemDraw
  • ChemWindow
  • JME Molecule Editor
  • MarvinSketch
Diğer
  • Aqion
  • Eulim
  • EXC code
  • GenX
  • GSim
  • Mercury
  • CrystalExplorer
  • ICM (ICM-Browser)
  • Materials Studio
  • Molden
  • OpenChrom
  • SASHIMI